現状、誰でもなれてしまうプログラマーですが、大規模システムの開発プロジェクト全体を統括してみたい、というような野心があるなら、やはり大学や大学院で、本格的にシステム工学を学ぶ事をおすすめします。

たたき上げのプログラマーが、日本を動かすような大規模システム全体を統括する立場に登りつめる、という事は極めて稀です。ある程度の学歴を引っさげて大手企業に就職した方が、プロジェクトの上の方で動く事が出来るのは言うまでもないでしょう。

ただ、プログラムを組みたくてプログラマーになった人にとって、全体の統括、というのはつまらない仕事なのだそうです。生涯現場、を目指して様々な技術を身につけフリーランスになるという手もありますが、そこでも営業する際に生きてくるのは、学歴だったりします。
プログラマーを目指している人で、まだ高校生という人は、大学に進学する事をお勧めします。その他の仕事への可能性を繋ぐ意味でも……。